1968. urtean Erandioko herritar talde batek Euskal Herriko egoeraz kezkaturik eta euskal nortasuna bultzatu eta indartu nahirik, Erandion ikastola bat sortzeko lehenengo pausuak eman zituen. Altzaga Ikastola Erandio 1968-1969 ikasturtean sortu zen ikasle talde bakar batez osaturik. Hortik aurrera eta kokapen desberdinetatik pasatu ondoren, ikastola handitzen eta sendotzen joan da gaur egun duen egitura eta kokapena izan arte.
1993-1994 ikasturtean sare publikoan sartzeko erabakia hartu zen, ordurarte gurasoen kooperatiba baitzen.
1996. urtean Hezkuntza Erreforma eta eskola mapa berriekin Haur eta Lehen Hezkuntzako ikastola izatera pasatu zen. Aldi berean, ikastolari irakas-jarraipena ematen dion DBH-ko ikastetxea sortu zen eraikuntza berean.
Gaur egun, Altzaga Ikastola Erandion hirugarren lerroa sendotzen ari da eta Haur Hezkuntza osoa Altzagako auzoan kokatuta dagoen Bekoako eraikuntzan finkatzen hasia da.
En el año 1968 un grupo de personas de Erandio, preocupadas por la situación de Euskal Herria y con la intención de impulsar y potenciar la identidad de ésta, dieron los primeros pasos para crear una ikastola en Erandio. Altzaga Ikastola Erandio inició su andadura en el curso 1968-1969 integrada por un único grupo de alumnos y alumnas. A partir de ahí y después de pasar por diferentes ubicaciones, la ikastola se ha ido fortaleciendo y consolidando hasta llegar a la estructura y ubicación actuales.
En el curso 1993-1994 se toma la decisión de integrarse en la red pública, ya que hasta entonces era una cooperativa de enseñanza gestionada por los padres y las madres.
En el año 1996 con la implantación de la nueva Reforma Educativa y el mapa escolar, la ikastola pasó a ser un centro de Educación Infantil y Primaria. Al mismo tiempo, se crea el centro de ESO que da continuidad al proceso en enseñanza de la ikastola y se ubica en el mismo edificio que ésta.
Hoy en día, Altzaga Ikastola Erandio está consolidando su tercera línea y la etapa de Educación Infantil ha comenzado su asentamiento en el edificio de Bekoa que se encuentra en el núcleo de población de Altzaga.